O goberno da UE sempre oscilou entre o modelo de conferencia intergubernamental, onde os estados conservan o conxunto das súas prerrogativas e o modelo supranacional onde unha parte da soberanía dos estados é delegada á Unión.

No primeiro caso, as decisións comunitarias son de feito tratadas entre estados e deben adoptarse por unanimidade. Este modelo, próximo o principio das organizacións intergubernamentais clásicas, é defendido pola corrente euroescéptica. Segundo eles, son os xefes de estado ou de goberno quen teñen a lexitimidade democrática para representar ós cidadáns. Son entón as nacións quen debe controlar as institucións da Unión. O segundo caso é o da corrente eurófila. Eles estiman que as institucións deben representar directamente ós cidadáns. Para eles, coa ampliación da UE do 2004 e 2007, as modalidades de toma de decisións ó seo das institucións deben ser adaptables có fin de evitar todo risco de parálise. 

A UE utiliza un modelo de goberno híbrido: o Consello de Ministros é o representante dos Estados (as decisións non requiren unanimidade, os votos de cada estado son ponderados polo seu peso demográfico), e o Parlamento Europeo representa ós cidadáns. Este modelo é unha das claves entre a loita de influencia entre tres das institucións europeas: Parlamento, Comisión e Consello. 

A estas únense outras institucións formando un total de cinco, cada unha delas cunha función específica: 

Parlamento Europeo (PE) é a asemblea parlamentaria, elixida en sufraxio universal directo polos cidadáns da Unión.

Consello da Unión Europea (CUE), antes chamado Consello de Ministros, é o principal órgano lexislativo e de toma de decisións na UE. Representa ós Gobernos dos Estados membros. 

Comisión Europea (CE), institución politicamente independente que representa e defende os intereses da Unión no seu conxunto, propón a lexislación, políticas e programas de acción e é responsable de aplicar as decisións do PE e o CUE. É o órgano con poder executivo, e de iniciativa. 

Tribunal de Xusticia da Unión Europea (TJUE), garante o cumprimento da lei da Unión, e a el están supeditados os poderes xudiciais dos Estados membros. 

Tribunal de Contas Europeo (TCE), efectúa o control da legalidade e a regularidade da xestión do presuposto da UE. 

Ademais a UE conta con seis importantes órganos: o Banco Central Europeo, o Comité Económico e Social Europeo, o Comité das Rexións, o Banco Europeo de Inversións, a Defensoría do Pobo Europeo e a Europol. 

Comisión Europea en España:
http://ec.europa.eu/spain/index_es.htm

Parlamento Europeo en España:
http://www.europarl.es/