El gobierno de la UE siempre ha oscilado entre el modelo de conferencia intergubernamental, donde los estados conservan el conjunto de sus prerrogativas y el modelo supranacional donde una parte de la soberanía de los estados es delegada a la Unión.

En el primer caso, las decisiones comunitarias son de hecho tratadas entre estados y deben adoptarse por unanimidad. Este modelo, cercano al principio de las organizaciones intergubernamentales clásicas, es defendido por la corriente euroescéptica. Según ellos, son los jefes de estado o de gobierno quienes tienen la legitimidad democrática para representar a los ciudadanos. Son entonces las naciones quienes deben controlar las instituciones de la Unión. El segundo caso es el de la corriente eurofila. Ellos estiman que las instituciones deben representar directamente a los ciudadanos. Para ellos, con la ampliación de la UE de 2004 y 2007, las modalidades de toma de decisiones al seno de las instituciones deben ser adaptables con el fin de evitar todo riesgo de parálisis. 

La UE utiliza un modelo de gobierno híbrido: el Consejo de Ministros es el representante de los Estados (las decisiones no requieren unanimidad, los votos de cada estado son ponderados por su peso demográfico), y el Parlamento Europeo representa a los ciudadanos. Este modelo es una de las claves entre la lucha de influencia entre tres de las instituciones europeas: Parlamento, Comisión y Consejo. 

A estas se unen otras instituciones formando un total de cinco, cada una de ellas con una función específica: 

Parlamento Europeo (PE) es la asamblea parlamentaria, elegida en sufragio universal directo por los ciudadanos de la Unión.

Consejo de la Unión Europea (CUE), antes llamado Consejo de Ministros, es el principal órgano legislativo y de toma de decisiones en la UE. Representa a los Gobiernos de los Estados miembros. 

Comisión Europea (CE), institución políticamente independiente que representa y defiende los intereses de la Unión en su conjunto, propone la legislación, políticas y programas de acción y es responsable de aplicar las decisiones del PE y el CUE. Es el órgano con poder ejecutivo, y de iniciativa. 

Tribunal de Justicia de la Unión Europea (TJUE), garantiza el cumplimiento de la ley de la Unión, y a él están supeditados los poderes judiciales de los Estados miembros. 

Tribunal de Cuentas Europeo (TCE), efectúa el control de la legalidad y la regularidad de la gestión del presupuesto de la UE. 

Además la UE cuenta con seis importantes órganos: el Banco Central Europeo, el Comité Económico y Social Europeo, el Comité de las Regiones, el Banco Europeo de Inversiones, la Defensoría del Pueblo Europeo y la Europol. 


Comisión Europea en España:
http://ec.europa.eu/spain/index_es.htm

Parlamento Europeo en España:
http://www.europarl.es/